Podsarnie jest jedną z najstarszych miejscowości na Górnej Orawie. Jej nazwa pojawia się w rejestrze podatkowym z 1567 roku. W roku 1585 jej pierwszy sołtys, Melchior Sarna, otrzymał akt lokacyjny wsi. Tym samym rodzina Thurzonów, panów z Zamku Orawskiego, wyznaczyła północną granicę swoich wpływów politycznych i gospodarczych. Zasadźca dostał 2 łany leśne (ok. 50 ha) oraz zwolnienie od podatków.

Mieszkańcy Podsarnia byli katolikami, stąd też w okresie niepokojów na tle religijnym (w roku 1618 kościół w Podwilku stał się zborem protestanckim; w roku 1687 wypędzono ostatecznie protestantów) zawierali małżeństwa i chrzcili dzieci w sąsiednich parafiach – Spytkowicach i Rabie Wyżnej.

W roku 2006 utworzona została nowa parafia, obejmująca Podsarnie i sąsiedni Harkabuz. Do tego czasu wieś należała do parafii Podwilk.

Przy głównej drodze stoi zabytkowa kamienna figura św. Jana Nepomucena, ufundowana w roku 1874 przez Katarzynę i Jana Kapuściaków jako dziękczynne wotum za ocalenie przed powodzią (św. Jan Nepomucen jest patronem strzegącym przed powodzią, ratującym tonących i opiekującym się mostami i przeprawami). Figura została odnowiona w 1998 roku przez Krystynę i Piotra Antoniaków.